同一個音樂文件而言，WAV、FLAC、APE三種音樂格式的音質是完全一樣的。
    意思是說，從CD碟上抓軌出來后，得到的WAV和APE、FLAC音質完全相同，實際上是不同形式的同一個文件。但與CD碟是否完全一樣，除了抓軌操作問題，基本上都是電腦設備技術所限。（你不能要求電腦器材技術同灌制唱片的專業器材一致，電腦只是個均衡性技術器材組合體。）
    所以，從收藏角度來說，三種格式可以，一樣。但播放效果上，上萬元的專業設備和神經質般的金耳朵是能聽出些許差別來的，這主要是因為不同格式間因編碼不同導致解碼速度不同所致；如果轉換為同一種格式，正常聽是沒有區別的。
    
那么，APE、FLAC、WAV三種格式區別在哪里呢？（這些區別并不是說音樂文件本身品質有優劣）
    1、編碼不同，導致解碼速度WAV〉FLAC〉APE，直接影響到播放聽感流暢性上：WAV〉FLAC〉APE
      WAV波形文件是音響設備和很多軟件可以直接讀取的波形文件，基本上不存在編解碼問題。flac和ape都對WAV進行了編碼，故能換取較小的體積，但同時造成解碼播放時，因播放器材解析力很敏感（或者說技術所限），會因出現一定的jitter抖動（解析復雜編碼所致）而導致播放效果不夠飽滿和流暢。這點你可以通過統一轉換為WAV格式來試聽解決。
   2、編碼不同，導致所占空間大小APE〉FLAC〉WAV。
     由于flac和ape都對WAV進行了更高技術的編碼，所以換取了較小的體積，這也是這兩種格式之所以出現的根本原因。由于二者都是無損壓縮，如果你是為了收藏，同時你的空間比較吃緊，無疑收藏較小體積的APE是最佳選擇。至于以后會不會出現更小體積的無損壓縮格式，但目前來說，APE 是最優選擇。
    3、編碼不同，解碼速度不一，導致占用CPU和耗電量不同。
        編碼越復雜，解碼越麻煩，自然占用內存率越高，耗電量自然越大。那些傷不起的播放機們感觸最深，同樣的電量，三種格式播放時長依次為由長到短：WAV〉FLAC〉APE，所以，如果你的P5播放機比較脆弱，自然選擇WAV可以享受更長時間的音樂。
     4、開源性不同，導致糾錯效果不同。
        這一點各取所需吧！很多flac粉們對APE的防糾錯和容錯性大為詬病，指責其一報錯就無法繼續播放，等于整軌作廢，同時嫌技術不開放（難道你自己要編程？搞不懂這個意見也這么大）。而flac用靜音處理方式他們就認為很好。
    個人認為，如果播放的話，因為一個錯誤就整軌不能播放，等于白下載，的確很煩人，而flac靜音處理得以繼續播放下面的曲目，的確人性；但從收藏的角度而言，靜音處理錯誤是不是有點瞞天過海、自欺欺人？發燒者和收藏癖們對人耳覺察不到的細微差別都耿耿于懷，怎么會放過這么大的差錯？反正，如果有錯誤音軌，我是肯定不要收藏的，而APE，正好給我了檢驗好壞質量的途徑。
    5、開源性不同，導致支持軟件多寡不均。
           編碼軟件的支持上，大家都說支持flac的軟件比ape多。這點沒問題。但并不等于支持Ape格式的播放軟件就少。實際上，現在已經有很多軟件支持ape了。而且，支持flac的軟件雖然多，也有很多不支持flac的，但wav就不一樣了，還沒有不支持WAV格式的播放器呢！這樣說來，是不是也要把flac淘汰掉？！其實，聽的時候就那么幾首歌，轉一下格式能夠讓你的播放器支持不就好啦。
  
    從收藏角度講，APE、FLAC、WAV三種格式一樣，文件音質相同；從播放來講，格式不同，專業設備下，效果可能會有人耳察覺不同的區別（樓主沒感覺出來）。

擴展知識
無損音樂音質也分“三六九等”
       同一個文件的各個無損格式是一樣的音質，如果不是同一個文件，即使是同一首歌，音質也分三六九等。舉個例子，彭麗媛的曲目《在希望的田野上》 ，收錄于《非同凡響》、《沂蒙山小調》、《演唱中國民歌》、《珠穆朗瑪》等多個音樂專輯，這些專輯分別由不同的唱片公司于不同的時間出版，音質就會參差不齊。同時，由于時代不同，技術上受歷史局限。也會導致音質有別。
為什么無損音樂和CD比較，聽覺上會有細微差別？
      無損音樂與CD碟片數據信息完全一樣，那為什么音效不一樣呢？嗯，這里我用的“音效”這個詞非常好。CD碟和原聲一樣嗎？肯定不一樣。主要是技術上根本做不到完全還原原聲。而且，為了音樂效果，一般還會加進各種特效。CD播放機和電腦，更是兩個功用完全不同的設備。音效當然不可能一致。
    其實，就算CD播放機，也不可能找到兩臺播放效果完全一樣的。有句話，大意是世界上不可能找到兩把相同的二胡，也是這個意思。
假無損是怎么回事？
      到這里，我就給大家提煉出一個觀點：【“無損音樂”不等于“無損音質”】
   除了碟片錄制設備技術問題（早期碟片音質都不好；不同唱片公司錄制技術層次不同；國內碟相對國外頂級技術也不好），也有假無損，即不是由正版CD碟片抓軌得到，而是通過盜版碟片抓軌、磁帶（卡帶）翻錄甚至是有損音樂（MP3等）轉換而得到。這些APE、FLAC、WAV等格式的所謂的“無損音樂”，其音質就很差很差。
   除了第一個原因我們無奈選擇外，其他的發燒友都應該剔除。對于磁帶翻錄，如果是稀有資源，建議大家保留，因為如果找不到無損，有總比無好。
我的音樂聽起來音質不好，是無損嗎？
      前面說了，【“無損音樂”不等于“無損音質”】，無損音樂嚴格來說，是指wav波形文件從音樂CD碟片的無損數字記錄和APE、FLAC、WavPack、WMALossless等則是對WAV波形文件進行無損壓縮。wav是無損音樂文件，APE、FLAC等則是無損壓縮音樂文件。絕對意義上講，他們都不能完全替代CD碟。WAV波形文件在媒體播放器里直接播放，而APE等其他壓縮格式則需要經過解壓（解碼）還原成WAV再進行播放。
     如果你的無損音樂聽感比較差，這你就要注意了：
    ⒈ 是真無損，多見于早期碟片。由于上世紀CD碟片剛起步，技術水平有限，故灌制效果相對今天的碟片來說欠佳。此外，即使今天，不同唱片公司出品的碟片，音質也有差別。在沒有替代品的情況下，建議保留。
    ⒉ 是真無損，音質不好可能由抓軌操作失誤造成“爆音”等數據信息殘缺，建議更換。
    ⒊ 顯示真無損，音質極差。這多由磁帶/卡帶轉錄而來。早期歌手只有磁帶作品留世，雖然音質不好，但是唯一的紀念品。將其轉錄為數據，是為了更好地保存。在沒有替代品的情況下，建議保留。
    ⒋ 假無損。即由有損格式MP3、WMA、OGG等格式轉換而來，有些憑耳聽，甚至難與真無損辨別，只有軟件能檢測出。有損轉無損，丟失的信息不會轉回來。雖然體積增大了，音質還是有損的音質。
如何鑒別無損音樂？
       如何鑒別？主要是一靠聽、二靠看、三靠軟件檢測。
    注意軟件檢測也會出錯，只是作為參考。畢竟，音樂最主要的用途是欣賞，而不是科學精密研究。建議大家首先聽。比如磁帶轉錄的，一般一聽就聽出來。但軟件檢測未必檢測出。這是因為軟件作用只是檢測哪些是由有損低劣的音樂轉換成的偽劣假冒無損。
    【一聽】
    聽第一感覺，如果音質不好，甚至有爆音，即使是真無損，也是音質較差的低劣無損。
    【二看】看占用空間大小和播放碼率
    看占用空間大小，一定要在相同格式的前提下，否則用APE和FLAC比較，是無意義的。一般，兩個時長、內容一致的同名文件，占用空間越大者原則上包含信息越豐富、音質越好；看播放碼率。
   【三檢測】用無損檢驗軟件檢測，和看頻譜。